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单细胞全转录组测序新技术迈入新阶段

    

       2014年4月29日,生物动态光学成像中心黄岩谊、汤富酬课题组在《美国科学院院刊》(PNAS)上发表题为Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing的论文。该研究利用微流控芯片技术实现了高质量单细胞的全转录组测序样品准备,全面提高了单细胞全转录组分析的准确性和可靠性。

 

        单细胞测序利用新一代的测序技术来分析单个细胞内的基因信息,成为解读单细胞的最佳工具。单细胞全转录组测序是单细胞高通量测序需求量最大的应用,它所测定的是单个细胞内所有基因的表达量,同时还可以测定除了mRNA分子外,其他长非编码rna(lncRNA) 以及小RNA的含量,定量获取单个细胞完整的表达谱。目前采用的新一代测序技术中,绝大多数方法都需要特定的前处理过程,制备“测序文库”。而针对单细胞 样品,已有的方法均存在很多缺陷,导致检测灵敏度不高、基因表达信息丢失严重、技术噪音高、操作失误率高、重复性差。

 

微流控芯片|微流控芯片批量加工
       通过多个细胞较低深度的转录组测序,可以获取比同等成本下单个细胞高深度测序更 重要的细胞异质性信息,而更好地展现生物体系的复杂性、随机性和动态过程。而通过微流控芯片上的精确细胞操控和主动俘获过程,还可以摆脱其他类似方法中随 机俘获的局限性,实现对极其少量细胞的完全俘获和反应前的表型观察,以更好地理解和验证单个细胞的异质性。与已有的技术相比,这一工作展示了目前最好的单 细胞转录组测序检测灵敏度和平行性。